Digiallkirjastamiseks sobivad tänapäeval pea kõik failiformaadid. Infosüsteemilt infosüsteemile mõeldud digiallkirjastatud dokumentidele piiranguid ei kehtigi, ent kui allkirjastatud dokumendi adressaadiks on lõppkasutaja, võiks failiformaatide valikul arvestada järgnevate soovitustega:
- Sõltumatus konkreetsest tarkvarast: kindlasti peaks vältima vähekasutatud tarkvarade faililaiendite (ja/või spetsiifiliste nõuetega tarkvaraversioonide) kasutamist.
- Pikaaegne tõestusväärtus: digiallkirjastatud konteinerite (mille osaks on ka allkirjastatud andmefailid) puhul on oluline tagada nende pikaajaline kasutatavus ja tõestusväärtus. Eelistada tuleks levinud ehk standardina kehtivaid failiformaate.
- Visuaalse ühtsuse tagamine: allkirjastatav andmefail peaks kasutajale välja nägema ühesugusena nii allkirjastamise hetkel kui ka hiljem vaadatuna.
Eesti Rahvusarhiivi juhtnööridele vastavalt oleks soovituslikud failiformaadid:
- Dokumendiformaadid:
- Kujundatud dokumentide puhul PDF
- Lihttekstide puhul TXT
- Pildiformaadid: TIFF ja PNG
- Videoformaadid: WAVE (.wav), MPEG-1, MPEG-2, MPEG-4
Pigem ei soovita kasutada:
- HTML - pole tagatud, et andmefailiga hilisemal tutvumisel kuvatakse kasutajale sama sisu, mida ta nägi allkirjastamisel
- XML - tavakasutajal on XML vormingus andmetega tutvumine pigem raskendatud. XML sobib kasutamiseks infosüsteemilt infosüsteemile andmevahetuses
- .LNK, .PIF ja .SCR failid
